입력 준비하기

계산은 입력만큼만 좋습니다. 이 쪽은 어떤 형식을 넣고, 무엇을 고르고, 검사를 통과했다는 말이 무엇을 뜻하는지를 정리합니다.

입력은 네 갈래입니다

어떤 도구가 어떤 입력을 받는지는 도구마다 다릅니다. 도구를 고르면 필요한 입력이 화면에 표시되고, 각 도구의 참조 문서에도 같은 내용이 있습니다.

서열 입력

FASTA는 >이름 헤더 줄과 서열 줄이 반복되는 텍스트 형식입니다. 파일 하나에 여러 서열을 담을 수 있습니다.

주의할 점은 정렬된 서열과 정렬되지 않은 서열이 다르다는 것입니다. MSA(다중 서열 정렬) 파일에는 -나 . 같은 갭 문자가 들어 있는데, 이건 서열 사이의 대응 관계를 나타내는 표시이지 실제 아미노산이 아닙니다. 서열 길이가 같다는 사실만으로 정렬된 파일이라고 판단하지 마세요.

표준이 아닌 문자가 들어 있으면 검증 단계에서 위치와 함께 알려드립니다. 고치고 다시 확인하면 됩니다.

구조 입력 — 여기가 가장 헷갈립니다

PDB와 mmCIF는 원자 좌표를 담는 파일 형식입니다. 구조 파일을 넣을 때는 보통 어떤 사슬의 어느 구간을 쓸지를 골라야 합니다. 이때 세 가지를 알아두면 실수가 줄어듭니다.

첫째, 잔기 번호는 배열의 순번이 아닙니다. 구조 파일의 잔기 번호는 원 논문이나 데이터베이스의 번호 체계를 따르며, 1부터 빠짐없이 이어지지 않는 경우가 흔합니다. 100번 다음이 105번일 수 있습니다.

둘째, 번호에 글자가 붙을 수 있습니다. 42와 42A는 다른 잔기입니다. 이걸 삽입 코드라고 부르며, 원래 번호 체계를 유지한 채 잔기를 끼워 넣을 때 씁니다.

셋째, 파일에 없는 잔기가 있습니다. 실험에서 관측되지 않은 부분은 좌표가 없어 파일에 나타나지 않습니다. 서열상으로는 존재하지만 구조에는 없는 구간이 생깁니다.

이 셋 때문에 "40번부터 60번까지"가 "배열의 40번째부터 60번째까지"와 다릅니다. 나두바이오는 화면에 보이는 표시 순번을 그대로 모델 입력 위치로 보내지 않습니다. 선택을 저장할 때 원본 파일의 지문, 모델·사슬·잔기 식별자, 그리고 표시와 내부 위치의 대응 관계를 함께 고정하고, 실행 시점에 같은 원본에서 위치를 다시 계산합니다. 덕분에 파일이 바뀌지 않는 한 고른 구간이 흔들리지 않습니다.

저분자 입력

SMILES는 원자와 결합 관계를 한 줄 텍스트로 적는 표기법이고, SDF는 원자·결합·좌표와 속성을 담는 파일 형식입니다.

파일에 분자가 여럿 들어 있으면 임의로 하나를 고르지 않습니다. 어떤 분자를 쓸지 직접 선택해야 합니다. 여러 분자가 든 파일은 목록으로 탐색하며 검색하고 고를 수 있습니다. 고른 결과는 준비 이력으로 남고 나중에 다시 열어 확인할 수 있습니다.

SDF 파일이라고 해서 반드시 올바른 3차원 구조인 것은 아닙니다. 좌표가 비어 있거나 의미 없는 값일 수 있습니다.

파일 검사가 확인하는 것, 확인하지 않는 것

파일을 올리면 검사를 수행합니다. 이 검사가 무엇을 뜻하는지 정확히 알아두는 것이 중요합니다.

검사 통과는 "읽을 수 있는 파일"이라는 뜻이지 "쓸 수 있는 입력"이라는 뜻이 아닙니다. 과학적 타당성은 연구자가 판단하고, 실행 가능 여부는 별도의 단계에서 결정됩니다.

여기에 더해 설정 검증이 있습니다. 검사는 파일 자체를, 검증은 도구에 넘길 설정값을 봅니다. 검증은 비용이 들지 않으니 실행 전에 얼마든지 돌려보세요. 잘못된 값은 어느 항목이 왜 문제인지와 함께 알려드립니다.

원본이 바뀌면 준비도 다시 확인합니다

준비한 입력은 원본 파일의 내용 지문에 묶여 있습니다. 같은 이름으로 다른 파일을 올리면 지문이 달라지므로, 이전에 고른 사슬이나 구간을 그대로 쓰지 않고 다시 확인하도록 안내합니다. 조용히 최신 파일로 바꿔치지 않습니다 — 선택이 소리 없이 달라지는 것이 가장 위험하기 때문입니다.

자주 막히는 지점

여러 분자가 든 파일을 넣었는데 진행이 안 됩니다. 어떤 분자를 쓸지 고르지 않아서입니다. 목록에서 선택하세요.

고른 구간이 비어 있다고 나옵니다. 그 구간의 잔기가 파일에 관측되지 않았을 수 있습니다. 구조 뷰어에서 실제로 좌표가 있는 범위를 확인하세요.

서열 길이가 한도를 넘습니다. 도구마다 다루는 최대 길이가 다릅니다. 해당 도구의 참조 문서에서 한도를 확인하고, 필요하면 도메인 단위로 나누는 것을 고려하세요.

파일은 검사를 통과했는데 실행이 안 됩니다. 검사와 실행 가능 여부는 별개입니다. 도구가 그 입력 형식을 받는지, 실행 권한이 있는지를 확인하세요.

다음 단계

입력이 준비되면 설정을 정하고 실행 계획을 만듭니다. 계획이 무엇이고 왜 검토를 거치는지는 실행과 승인에서 다룹니다. 계산이 끝난 뒤 값을 읽는 기준은 결과 읽는 법에 있습니다.