설계 조건 지정
길이·보존 구간 등 조건 준비
연구 사례
새 골격부터 단백질 후보를 만듭니다
원하는 길이와 조건으로 골격을 만들고, 그 골격에 맞는 서열을 이어서 설계합니다.
준비와 결과
무엇을 넣고, 무엇을 얻나요?
설계 조건과 참고 구조
만들 단백질의 길이와 설계 조건을 정합니다.
필요하다면 표적 구조와 보존할 구간을 함께 준비합니다.
골격 PDB와 .trb 자료
새로 만든 골격 구조(PDB)
설계 구간 등 생성 조건을 담은 .trb 자료
결과 읽기숫자와 모양에서
숫자와 모양에서
무엇을 확인해야 할까요?
새 골격을 만드는 일과 그 골격에 맞는 서열을 만드는 일은 다릅니다.
보존할 구간과 표적 주변 배치가 요청한 조건에 맞는지 살펴봅니다.
골격에 맞는 서열 설계
ProteinMPNN 등 후속 도구 사용
다음 연구
ProteinMPNN으로 서열을 설계한 뒤 구조를 다시 예측하고 실험할 후보를 고릅니다.
다시 살펴볼 수 있도록결과와 함께
결과와 함께
사용한 조건도 남깁니다.
나두바이오에서 수행한 작업은 입력 자료와 도구 버전, 계산 조건을 결과와 함께 확인하는 흐름으로 이어집니다.
RFdiffusion + ProteinMPNN
기록 미리보기사용한 자료
설계 조건과 참고 구조
원본 자료와 계산 조건
계산 결과
골격 PDB와 .trb 자료
결과 파일과 실행 이력
원문에서 더 자세히 살펴보세요
연구의 배경은 원문 논문에서, 입력과 결과의 구체적인 형식은 공식 문서에서 확인할 수 있습니다.
- De novo design of protein structure and function with RFdiffusion.
DOI: 10.1038/s41586-023-06415-8
- Robust deep learning-based protein sequence design using ProteinMPNN.
DOI: 10.1126/science.add2187
- RFdiffusion + ProteinMPNN 공식 사용 문서
이 페이지에서 참고한 부분: README: Sequence Design for Binders, Binder Design Filtering, output files
입력과 연구 순서는 2026년 10월 2일 확인한 공식 사용 문서를 참고했습니다. 그림은 과정을 설명하기 위한 예시이며, 실제 계산 결과는 아닙니다.
그림은 공개 구조를 참고해 설명하기 쉽게 그렸습니다. 참고한 PDB 구조 보기
이 연구에 쓰는 도구
모델 카탈로그에서 제공하는 입력 항목과 이용 안내를 여기서 바로 확인할 수 있습니다. 내 자료로 작업을 준비할 때 로그인하세요.
프로젝트에서 실행 · 조직의 버전 허용 필요
ProteinMPNN
단백질의 입체 구조에 맞는 아미노산 서열 후보를 설계합니다.
- 주요 입력 데이터
- 단백질 구조 (PDB)
입력 항목 5개프로젝트에서 실행 · 조직의 버전 허용 필요
RFdiffusion
표적 구조나 유지할 구간을 조건으로 새로운 단백질 구조를 설계합니다.
- 주요 입력 데이터
- 단백질 구조 (PDB)
입력 항목 13개