구조·주변 분자 준비
단백질과 주변 원자 좌표 입력
연구 사례
주변 분자까지 고려해 서열을 설계합니다
단백질 가까이에 있는 작은 분자의 원자 정보를 참고해, 주변 서열 후보를 설계합니다.
준비와 결과
무엇을 넣고, 무엇을 얻나요?
단백질·주변 분자 구조
단백질과 주변 분자의 원자 위치가 담긴 구조를 준비합니다.
설계할 구간과 고정할 구간을 나눕니다.
후보 서열과 설정별 구조 자료
주변 분자를 고려해 제안한 단백질 서열
설정에 따른 구조와 곁사슬 관련 결과
결과 읽기숫자와 모양에서
숫자와 모양에서
무엇을 확인해야 할까요?
새로 설계하는 대상은 작은 분자가 아니라 단백질 서열입니다.
주변 분자 정보를 빠뜨리거나 잘못 지정하지 않았는지 입력부터 확인합니다.
새 단백질 서열 설계
LigandMPNN으로 후보 생성
다음 연구
후보를 다시 계산하고 실험해 주변 분자와의 결합과 기능을 확인합니다.
다시 살펴볼 수 있도록결과와 함께
결과와 함께
사용한 조건도 남깁니다.
나두바이오에서 수행한 작업은 입력 자료와 도구 버전, 계산 조건을 결과와 함께 확인하는 흐름으로 이어집니다.
LigandMPNN
기록 미리보기사용한 자료
단백질·주변 분자 구조
원본 자료와 계산 조건
계산 결과
후보 서열과 설정별 구조 자료
결과 파일과 실행 이력
원문에서 더 자세히 살펴보세요
연구의 배경은 원문 논문에서, 입력과 결과의 구체적인 형식은 공식 문서에서 확인할 수 있습니다.
- Atomic context-conditioned protein sequence design using LigandMPNN.
DOI: 10.1038/s41592-025-02626-1
- LigandMPNN 공식 사용 문서
이 페이지에서 참고한 부분: README: ProteinMPNN과의 차이, design examples, 출력 정보
입력과 연구 순서는 2026년 10월 2일 확인한 공식 사용 문서를 참고했습니다. 그림은 과정을 설명하기 위한 예시이며, 실제 계산 결과는 아닙니다.
그림은 공개 구조를 참고해 설명하기 쉽게 그렸습니다. 참고한 PDB 구조 보기
이 연구에 쓰는 도구
모델 카탈로그에서 제공하는 입력 항목과 이용 안내를 여기서 바로 확인할 수 있습니다. 내 자료로 작업을 준비할 때 로그인하세요.
입력 항목 확인 가능 · 실행 준비 중
LigandMPNN
주변 결합 분자를 고려해 단백질 구조에 맞는 서열을 설계합니다.
- 주요 입력 데이터
- 단백질 구조 (PDB)
입력 항목 4개