분자와 표적 준비
표적·후보의 3차원 입력 준비
연구 사례
작은 분자가 들어갈 자리를 탐색합니다
표적의 관심 부위에서 여러 결합 자세를 계산하고, 더 검토할 분자 후보를 좁힙니다.
준비와 결과
무엇을 넣고, 무엇을 얻나요?
표적·작은 분자 구조와 탐색 영역
계산에 맞게 준비한 표적과 작은 분자의 구조를 넣습니다.
표적에서 탐색할 공간과 실행 조건을 정합니다.
결합 자세와 도킹 점수
분자가 놓일 수 있는 여러 위치와 방향
각 자세의 도킹 점수와 구조 자료
결과 읽기숫자와 모양에서
숫자와 모양에서
무엇을 확인해야 할까요?
점수는 계산한 값이며 실제 결합 강도를 측정한 값이 아닙니다.
같은 준비 방법과 탐색 조건에서 얻은 결과끼리 비교합니다.
가능한 결합 자세 계산
Vina로 위치·방향과 점수 계산
다음 연구
구조와 점수를 함께 살펴 실험에서 먼저 확인할 후보를 고릅니다.
다시 살펴볼 수 있도록결과와 함께
결과와 함께
사용한 조건도 남깁니다.
나두바이오에서 수행한 작업은 입력 자료와 도구 버전, 계산 조건을 결과와 함께 확인하는 흐름으로 이어집니다.
AutoDock Vina
기록 미리보기사용한 자료
표적·작은 분자 구조와 탐색 영역
원본 자료와 계산 조건
계산 결과
결합 자세와 도킹 점수
결과 파일과 실행 이력
원문에서 더 자세히 살펴보세요
연구의 배경은 원문 논문에서, 입력과 결과의 구체적인 형식은 공식 문서에서 확인할 수 있습니다.
- AutoDock Vina: improving the speed and accuracy of docking with a new scoring function, efficient optimization, and multithreading
DOI: 10.1002/jcc.21334
- AutoDock Vina 공식 사용 문서
이 페이지에서 참고한 부분: 공식 basic docking: receptor/ligand 준비, 탐색 영역, Vina 실행과 출력
입력과 연구 순서는 2026년 10월 2일 확인한 공식 사용 문서를 참고했습니다. 그림은 과정을 설명하기 위한 예시이며, 실제 계산 결과는 아닙니다.
그림은 공개 구조를 참고해 설명하기 쉽게 그렸습니다. 참고한 PDB 구조 보기
이 연구에 쓰는 도구
모델 카탈로그에서 제공하는 입력 항목과 이용 안내를 여기서 바로 확인할 수 있습니다. 내 자료로 작업을 준비할 때 로그인하세요.
입력 항목 확인 가능 · 실행 준비 중
Autodock Vina
단백질과 소분자의 결합 자세를 탐색하고 계산 점수로 비교합니다.
- 주요 입력 데이터
- 단백질 구조 (PDB) · 분자 구조 (SDF) · 분자 표기 (SMILES)
입력 항목 5개