시작 구조 준비
단백질·복합체 구조 사용
연구 사례
정지된 구조에서, 시간에 따른 움직임으로
물과 주변 환경을 포함한 계산 조건에서 구조가 어떻게 움직이는지 살펴봅니다.
준비와 결과
무엇을 넣고, 무엇을 얻나요?
구조·힘장·주변 환경
시작 구조와 원자 사이의 연결 정보, 계산 규칙인 힘장을 준비합니다.
물과 이온 등 주변 환경을 정하고 계산 전에 상태를 안정화합니다.
시간별 궤적과 에너지 기록
시간에 따라 기록한 원자 위치(궤적)
에너지 등 계산 과정의 기록
결과 읽기숫자와 모양에서
숫자와 모양에서
무엇을 확인해야 할까요?
관찰한 변화는 설정한 물리 모델과 계산 시간 안에서 나온 결과입니다.
짧은 움직임만으로 오랜 시간의 안정성이나 실제 결합을 단정하지 않습니다.
시간에 따른 움직임 계산
GROMACS로 연속 구조 기록
다음 연구
거리와 접촉, 구조 변화가 시간에 따라 어떻게 달라지는지 분석합니다.
다시 살펴볼 수 있도록결과와 함께
결과와 함께
사용한 조건도 남깁니다.
나두바이오에서 수행한 작업은 입력 자료와 도구 버전, 계산 조건을 결과와 함께 확인하는 흐름으로 이어집니다.
GROMACS · 분자 동역학
기록 미리보기사용한 자료
구조·힘장·주변 환경
원본 자료와 계산 조건
계산 결과
시간별 궤적과 에너지 기록
결과 파일과 실행 이력
원문에서 더 자세히 살펴보세요
연구의 배경은 원문 논문에서, 입력과 결과의 구체적인 형식은 공식 문서에서 확인할 수 있습니다.
- GROMACS: High performance molecular simulations through multi-level parallelism from laptops to supercomputers
DOI: 10.1016/j.softx.2015.06.001
- GROMACS · 분자 동역학 공식 사용 문서
이 페이지에서 참고한 부분: 공식 Flow Chart 본문·graphviz 설명, Force fields의 개요
입력과 연구 순서는 2026년 10월 2일 확인한 공식 사용 문서를 참고했습니다. 그림은 과정을 설명하기 위한 예시이며, 실제 계산 결과는 아닙니다.
그림은 공개 구조를 참고해 설명하기 쉽게 그렸습니다. 참고한 PDB 구조 보기
이 연구에 쓰는 도구
모델 카탈로그에서 제공하는 입력 항목과 이용 안내를 여기서 바로 확인할 수 있습니다. 내 자료로 작업을 준비할 때 로그인하세요.
입력 항목 확인 가능 · 실행 준비 중
GROMACS
시간에 따른 분자의 움직임을 시뮬레이션하고 구조 변화를 살펴봅니다.
- 주요 입력 데이터
- 단백질 구조 (PDB) · 분자 구조 (SDF)
입력 항목 7개