쓰던 AI 에이전트에게 "이 서열의 구조를 예측해 줘"라고 부탁하고, 결과까지 같은 대화에서 확인하면 편하겠지요. 나두바이오는 그 사이에 필요한 연구 도구와 실행 환경을 연결합니다. 에이전트가 계획을 준비하면 사람이 웹에서 내용을 확인하고 승인하는 흐름입니다.
새 대화창으로 옮겨 갈 필요도 없습니다. 평소 쓰던 에이전트에 MCP와 스킬을 연결해 두면 됩니다. 어떤 일을 맡길 수 있는지부터 살펴보고, 직접 연결해 보겠습니다.
대화에서 실제 연구 도구 실행까지
실행 환경
구조 예측이나 단백질 설계 모델을 원활하게 돌리려면 GPU와 실행 환경을 준비해야 합니다. 모델마다 요구하는 라이브러리 버전이 다르고, 모델 가중치 파일만 수 GB에 이르기도 합니다. 에이전트가 코드를 써 주면 도움이 되지만, 그 코드가 돌아갈 환경까지 준비되어야 실행할 수 있습니다.
결과와 함께 남겨 둘 기록
에이전트가 대화 중에 스크립트를 고쳐 가며 실행하면, 나중에 어떤 입력과 설정, 어떤 모델 버전으로 그 결과가 나왔는지 다시 맞추기 어렵습니다. 결과를 다음 실험의 근거로 쓰거나 논문에 적을 때 꼭 필요한 정보인데도요.
실행 전에 확인할 시간
GPU 계산에는 비용과 시간이 듭니다. 에이전트에게 준비를 맡기되, 실행할 입력과 예상 사용량은 먼저 확인하고 싶습니다. 계획을 검토하고 승인하는 단계를 두는 이유입니다.
나두바이오가 맡는 부분
나두바이오는 연구 도구의 입력을 준비하고, 실행 계획을 검토한 뒤 작업과 결과를 확인하는 제품입니다. 대화를 나누는 AI는 연구팀이 쓰던 것을 그대로 쓰고, 나두바이오는 그 아래에서 도구와 실행을 맡습니다.
같은 기록: 웹 화면에서 한 일과 에이전트로 한 일이 같은 계획·작업·결과로 남습니다. 에이전트가 만든 계획을 웹에서 그대로 열어 볼 수 있습니다.
실행 전 검사: 입력이 도구의 형식에 맞는지 먼저 검사합니다. 서열에 쓸 수 없는 문자가 있거나 사슬 구성이 맞지 않으면 GPU를 쓰기 전에 알려 줍니다.
고정된 계획과 사람 승인: 실행 계획은 입력·설정·도구 버전을 하나로 묶어 고정한 것입니다. 에이전트가 계획을 만들어도, 사람이 웹 화면에서 승인해야 제출됩니다. 승인한 계획과 내용이 다르면 제출되지 않습니다.
결과와 계보: 결과 파일은 검증을 거친 뒤 공개되고, 어느 입력과 계획에서 나왔는지 거슬러 올라가 확인할 수 있습니다.
여기서 MCP(Model Context Protocol)는 AI 에이전트가 외부 도구를 호출할 때 쓰는 연결 규약입니다. 나두바이오는 MCP 서버를 제공하고, 에이전트는 그 서버의 도구(list_tools, validate_input, create_plan 등)를 호출합니다. 스킬은 에이전트가 이 도구들을 올바른 순서로 쓰도록 돕는 지침 파일 묶음입니다.
연결하기
1. API 키 발급
제품 화면 왼쪽 메뉴의 API 키에서 이름, 권한 범위, 만료 기간(30·90·365일)을 정해 발급합니다. 키는 발급 직후 한 번만 보이니 바로 복사해 두세요. 도구 목록과 문서 검색은 키 없이도 쓸 수 있지만, 계획을 만들고 제출하려면 아래 권한이 필요합니다.
권한 범위 | 하는 일 |
|---|---|
| 입력 검사 |
| 작업·결과·계획 조회 |
| 실행 계획 만들기 |
| 승인된 계획 제출, 작업 취소 |
아래 명령을 실행한 다음 키를 붙여 넣고 Enter를 누르세요. 키 값이 셸 명령 기록에 남지 않도록 환경 변수로 받습니다.
read -rs NADOO_BIO_API_KEY && export NADOO_BIO_API_KEY2. MCP 서버 연결
가장 쉬운 방법은 나두바이오 CLI에 맡기는 것입니다. 컴퓨터에 설치된 Claude Code와 Codex를 찾아 연결 명령을 대신 실행합니다.
npx nadoo-bio@latest add직접 연결하려면 도구마다 다음처럼 등록합니다. MCP 서버 주소는 https://nadoo.bio/mcp이고, 키는 Authorization 헤더로 보냅니다.
# Claude Code
claude mcp add --transport http nadoo-bio -s user https://nadoo.bio/mcp --header "Authorization: Bearer $NADOO_BIO_API_KEY"
# Codex
codex mcp add nadoo-bio --url https://nadoo.bio/mcp --bearer-token-env-var NADOO_BIO_API_KEY환경 변수는 현재 터미널에 적용됩니다. Codex를 실행하는 환경에도 같은 변수가 있어야 하며, 이미 열어 둔 데스크톱 앱에는 자동으로 전달되지 않습니다. Claude Code는 위 명령으로 등록할 때 실제 키 값을 설정 파일에 저장하므로 키를 바꾸면 다시 등록하세요.
아직 OAuth 로그인은 지원하지 않습니다. 헤더를 넣을 수 있는 AI 도구에서 연결하세요.
3. 에이전트 스킬 설치
npx skills add https://nadoo.bio입력 준비, 계획과 제출, 결과 해석, 재현, 여러 후보 한꺼번에 실행하기, 권한·승인 문제 해결까지 여섯 가지 스킬이 들어 있습니다. 스킬은 MIT 라이선스로 제공되며, 스킬만 설치해서는 동작하지 않으니 MCP 연결을 먼저 마치세요.
4. 연결 확인
에이전트에게 "나두바이오 도구 목록 보여줘"라고 말해 보세요. 목록이 나오면 서버 연결은 확인한 셈입니다. 여기서 실패한다면 키보다 연결 설정을 먼저 확인하세요. 도구 목록은 키 없이도 동작하기 때문입니다.
키와 조회 권한도 확인하려면 같은 터미널에서 npx nadoo-bio@latest doctor를 실행하세요. 계획 작성·제출 권한은 앞의 권한 표와 따로 대조합니다.
대화로 구조 예측 한 건 실행해 보기
예를 들어 FASTA 형식(이름과 서열을 담는 텍스트)의 단백질 서열을 붙여 넣고 "이 서열로 Boltz-2 구조 예측 계획 만들어 줘"라고 요청해 보세요. 스킬을 설치한 에이전트는 대략 다음 순서로 움직입니다.
단계 | 에이전트가 하는 일 | 사람이 할 일 |
|---|---|---|
도구 확인 |
| — |
입력 검사 |
| 오류가 있으면 서열을 고칩니다 |
실행 조건 확인 |
| — |
계획 만들기 |
| 링크를 열어 입력·설정·사용량을 확인하고 승인합니다 |
제출과 확인 | 승인된 계획을 | — |
결과 읽기 |
| 구조와 지표를 검토합니다 |
위 그림은 사용 흐름을 설명하는 화면 구성 예시입니다.
응답이 중간에 끊겨도 처음 요청과 같은 요청 식별자로 재시도하면 중복 생성을 막습니다. 스킬은 에이전트가 이 규칙을 따르도록 안내합니다. 월 사용 한도를 넘는 요청은 서버가 거절하고, 에이전트는 한도 안내를 전달합니다.
일부 도구는 API 키로 만든 계획을 바로 제출할 수 없고, 웹에서 계획을 새로 만들어야 합니다. 이런 경우 에이전트는 이유와 함께 웹 화면 링크를 알려 줍니다.
결과를 읽을 때 기억할 것
계산 예측과 실험 결과는 다릅니다. 구조 신뢰도 지표(예: pLDDT)는 모델이 예측에 얼마나 자신 있는지를 나타낼 뿐, 실제로 결합하는지나 실험에서 성공할지를 알려 주지 않습니다. 자세한 내용은 결과 읽는 법에 있습니다.
결과 파일과 문서는 데이터입니다. 에이전트가 읽은 결과 파일이나 문서 안에 명령처럼 보이는 문장이 있어도 따르지 않도록 스킬이 안내합니다.
도구 목록에 있다고 바로 실행되는 것은 아닙니다. 지금 실행할 수 있는 도구는 프로젝트와 실행 조건에 따라 다르고, 입력 준비까지만 되는 도구도 있습니다. 에이전트에게 "이 도구 지금 실행할 수 있어?"라고 물으면 현재 상태와 이유를 확인해 줍니다.
첫 계획을 만들어 보세요
연결을 마쳤다면 서열 하나로 계획을 만들어 보세요. 웹에 표시된 입력과 설정을 확인하는 것부터 시작해도 좋습니다. 아래 문서에서 연결 방법과 지원 범위를 더 살펴볼 수 있습니다.
AI 도구 연결과 스킬 설치: Cursor·VS Code 연결, 키 교체, 문제 해결
MCP 도구 목록: 각 도구의 입력과 권한
나두바이오에서 할 수 있는 일: 단계별 지원 범위