결과 읽는 법
나두바이오가 낸 값이 무엇을 뜻하고 무엇을 뜻하지 않는지, 후보를 어떤 기준으로 비교하고 실험으로 무엇을 넘길지 정리합니다.
계산이 끝나면 숫자가 나옵니다. 이 쪽은 그 숫자가 무엇을 말하고 무엇을 말하지 않는지를 정리합니다. 지표를 잘못 읽으면 좋은 후보를 버리고 나쁜 후보에 실험 자원을 씁니다.
먼저, 다섯 가지를 구분합니다
이 구분 하나만 가져가도 대부분의 오해가 사라집니다.
| 구분 | 무엇인가 | 예 |
|---|---|---|
| 계산 예측 | 모델이 내놓은 구조·값 | 예측된 복합체 좌표 |
| 구조 신뢰도 | 모델이 자기 예측을 얼마나 확신하는가 | pLDDT, PAE, ipTM |
| 실제 결합 | 두 분자가 실제로 결합하는가 | 실험에서 관측된 결합 |
| 실험 검증 | 정해진 조건에서 측정했는가 | SPR로 측정한 Kd |
| 임상 효과 | 사람에게 효과가 있는가 | 임상시험 결과 |
앞의 둘은 계산 결과이고 뒤의 셋은 계산으로 도달할 수 없습니다. 신뢰도가 높다는 것은 모델이 확신한다는 뜻이지, 그 구조가 실제라는 증명이 아닙니다.
결과 화면은 세 덩어리입니다
지표 요약은 이번 실행이 낸 수치입니다. 산출물 파일은 구조 좌표·서열·표 같은 원본이며 내려받아 다른 도구에 넣을 수 있습니다. 실행 근거는 무엇이 어떻게 돌았는지를 담은 영수증으로, 어떤 모델 가중치와 어떤 입력 파일이 쓰였는지가 지문 값으로 고정되어 있습니다. 결과를 인용하거나 재현할 때 이 영수증이 근거가 됩니다.
지표별로 읽는 법
값의 범위와 정의는 도구마다 다를 수 있습니다. 각 도구의 참조 문서에 적힌 정의를 먼저 확인하세요.
| 지표 | 무엇인가 | 보통 범위 | 좋은 방향 | 이렇게 읽으면 안 됩니다 |
|---|---|---|---|---|
| pLDDT | 국소 구조에 대한 모델의 신뢰도 | 0~100 | 높을수록 | pLDDT 90을 "정확도 90%"나 "결합 확률 90%"로 |
| PAE | 한 부분을 기준으로 정렬했을 때 다른 부분 위치의 예상 오차 | Å | 낮을수록 | 실험에서 측정한 오차로 |
| ipTM | 복합체 구성물 사이 배치·인터페이스의 예측 신뢰도 | 0~1 | 높을수록 | 친화도나 결합 성공 확률로 |
| TM-score | 두 구조의 전역 접힘 유사도 | 0~1 | 높을수록 | 서열 유사도로 |
| lDDT | 정답 구조와 비교한 국소 유사도 | 0 | 높을수록 | 예측 신뢰도(pLDDT)와 같은 값으로 |
| RMSD | 대응 원자 좌표 차이의 제곱평균제곱근 | Å | 작을수록 | 원자 선택·정렬 방식을 밝히지 않은 채 비교 |
| DockQ | 기준 복합체와 비교한 접촉·배치 평가 | 0~1 | 높을수록 | 정답 구조 없이 얻을 수 있는 값으로 |
| ΔΔG | 두 상태·변이 사이 자유에너지 차이의 변화 | kcal/mol 등 | 도구마다 다름 | 부호 방향을 확인하지 않고 |
| Tm | 열적 전이가 중간에 이르는 온도 | °C | 같은 조건에서 높을수록 | 결합·기능·보관 안정성 전체의 보증으로 |
ΔΔG는 특히 조심하세요. 결합 ΔΔG와 접힘 안정성 ΔΔG는 다른 문제이고, 부호와 차감 순서가 도구마다 달라 음수가 좋은 경우도 있고 양수가 좋은 경우도 있습니다. 해당 도구 문서를 확인하기 전에는 방향을 가정하지 마세요.
자주 생기는 오해 네 가지
"신뢰도가 높으니 결합한다." ipTM은 모델이 예측한 배치에 대한 확신도입니다. 결합 친화도도, 실험에서 결합이 관측될 확률도 아닙니다. 두 값은 서로 다른 물리량입니다.
"도킹 점수가 좋으니 Kd가 낮다." 도킹 점수는 탐색과 순위 매기기를 위한 계산 점수입니다. 해리상수(Kd)는 평형에서 측정하는 실험값입니다. 점수가 좋은 후보를 실험 우선순위에 올리는 근거로는 쓸 수 있지만, 친화도 수치로 환산하지 마세요.
"접촉이 많으니 강하게 붙는다." 수소결합이나 염다리의 개수를 친화도로 단순 환산할 수 없습니다.
"같은 지표니까 도구끼리 비교할 수 있다." 같은 이름의 지표라도 도구마다 정의와 스케일이 다를 수 있습니다. 서로 다른 도구의 값을 한 표에 놓고 순위를 매기기 전에 정의가 같은지 확인하세요.
후보를 비교할 때
같은 조건에서만 비교하세요. 입력·설정·모델 버전이 다르면 값의 차이가 후보의 차이인지 조건의 차이인지 알 수 없습니다. 실행 근거의 지문 값을 비교하면 조건이 같았는지 확인할 수 있습니다.
지표 하나로 줄을 세우지 마세요. 구조 신뢰도가 높아도 관심 있는 부위의 신뢰도가 낮을 수 있습니다. 전체 값과 부위별 값을 함께 보세요.
실패한 실행도 정보입니다. 입력이 거부되었는지, 실행 중 실패했는지, 신뢰도가 낮게 나왔는지는 서로 다른 신호입니다. 실행 이력에서 시도별 상태와 실패 사유를 확인할 수 있습니다.
결과를 인용하거나 다시 돌릴 때
논문·보고서에 값을 쓰거나 몇 달 뒤 같은 계산을 다시 하려면 무엇이 돌았는지가 남아 있어야 합니다. 실행 근거에는 사용된 모델 가중치의 지문, 입력 파일 내용의 지문, 설정값, 그리고 그 도구를 실행할 수 있었던 라이선스 근거가 함께 묶여 있습니다.
주의할 점이 하나 있습니다. 입력이 고정되어도 출력이 완전히 같다는 보장은 아닙니다. 무작위 시드나 실행 환경에 따라 값이 조금 달라질 수 있습니다. 근거가 보장하는 것은 "같은 것을 같은 방식으로 계산하도록 지정했다"이지 "같은 숫자가 나온다"가 아닙니다.
실험으로 넘길 때
실험 담당자에게는 값만 보내지 말고 조건과 한계를 함께 넘기세요. 어떤 도구의 어떤 버전인지, 입력 구조와 선택한 영역이 무엇인지, 지표가 무엇을 뜻하는지, 그리고 이 값이 계산 예측이라는 사실입니다. 계산은 실험 대상을 좁히는 도구이지 실험을 대신하는 도구가 아닙니다.
실험 결과를 받아 올 때
실험 기관에서 측정 결과를 받으면 결과 화면의 실험 측정값에서 CSV로 올려 후보와 연결합니다. 측정값은 계산 예측과 다른 증거라서 따로 보관하고, 결과 표에서도 예측 열 뒤에 '실측' 열로 따로 보입니다. 반복 측정은 평균을 내지 않고 모두 보여 줍니다.
CSV는 두 가지 방식으로 올릴 수 있습니다.
| 방식 | 언제 | 올릴 때 할 일 |
|---|---|---|
| 기관이 보낸 표 그대로 | 기관 양식의 Excel을 CSV로 저장한 경우 | 후보 ID가 든 열을 고르고, 측정 열마다 항목·단위·조건을 적습니다 |
| 나두바이오 표준 CSV | 기관에 표준 양식으로 결과를 요청한 경우 | 파일만 고르면 됩니다. 항목·단위·조건이 파일 안에 있습니다 |
기관에 결과를 요청하기 전에 업로드 화면의 표준 양식 받기로 빈 양식을 내려받아 함께 보내면, 받은 파일을 손보지 않고 바로 올릴 수 있습니다.
표준 CSV의 규칙
한 행에 측정값 하나를 적습니다. 같은 후보를 두 번 쟀으면 두 행이고, KD와 Tm을 쟀으면 또 다른 행입니다.
| 열 | 필수 | 적는 것 |
|---|---|---|
| candidate_id | 필수 | 나두바이오 의뢰서의 후보 ID. 결과 파일의 후보와 이 값으로 연결합니다 |
| assay | 필수 | 측정 종류: binding_screening(결합 스크리닝), binding_kinetics(결합 속도론), thermostability(열안정성), expression(발현), enzyme_activity(효소 활성) |
| method | 필수 | 측정 방법: 예) SPR, BLI, nanoDSF |
| metric | 필수 | 측정 항목: KD, kon, koff, Tm, Tonset, Tagg, yield, concentration, binding_call, binding_strength, expression_call |
| provider | 필수 | 측정 기관 |
| value, unit | 수치 항목 | 값은 숫자만, 단위는 unit 칸에 |
| value_text | 범주형 항목 | binding_call·binding_strength·expression_call의 판정. 예) true, strong |
| qualifier | 선택 | 비우면 값 그대로. <·>는 "그보다 작다/크다", ND는 "검출 안 됨"(값 칸은 비웁니다) |
| replicate | 권장 | 반복 번호 1, 2, 3… 기관이 계산한 평균이면 mean |
| target | 결합 측정 필수 | 결합 상대 분자 |
| temperature_c, buffer, condition_note | 권장 | 측정 온도(°C), 완충액, 그 밖의 조건 |
| uncertainty, uncertainty_type | 선택 | 불확도와 종류(sd, sem, ci95_low, ci95_high, log10_sd). 값을 적으면 종류도 적습니다 |
| provider_sample_id, measured_at, source_file, notes | 선택 | 기관 시료 번호, 측정일(2026-10-20 형식), 원본 파일 이름, 비고 |
항목마다 쓸 수 있는 단위가 정해져 있습니다. 다른 단위가 오면 올리기 전에 알려 드립니다.
| 항목 | 단위 |
|---|---|
| KD, concentration | M, mM, uM, µM, nM, pM (비교할 때는 M으로 환산한 값을 따로 씁니다) |
| kon | 1/(M*s) |
| koff | 1/s |
| Tm, Tonset, Tagg | degC 또는 °C |
| yield | mg/mL, mg/L, ug/mL |
값을 바꾸지 않는 규칙이 몇 가지 있습니다. <5는 5로, ND는 0으로 바꾸지 않습니다. 셀 안에 단위를 섞은 값("12 nM")과 같은 조건에서 반복 번호가 겹치는 행은 받지 않습니다. 계산 예측값(ipTM, pLDDT, 도킹 점수)은 이 파일에 넣지 않습니다.
아래는 형식을 보여 주는 가상 값이며 실험 결과가 아닙니다.
candidate_id,assay,method,metric,qualifier,value,value_text,unit,replicate,target,temperature_c,provider
cand-01,binding_kinetics,BLI,KD,,12.5,,nM,1,표적 A,25,예시 기관
cand-01,binding_kinetics,BLI,KD,,13.1,,nM,2,표적 A,25,예시 기관
cand-01,binding_kinetics,BLI,binding_call,,,true,,1,표적 A,25,예시 기관
cand-02,binding_kinetics,BLI,KD,ND,,,nM,1,표적 A,25,예시 기관
cand-02,thermostability,nanoDSF,Tm,,61.4,,degC,1,,,예시 기관기관에 보낼 요청 문구
측정 결과를 첨부한 CSV 양식(한 행에 측정값 하나)으로 보내 주십시오. candidate_id 열에는 의뢰서의 후보 ID를 그대로 적고, 값 칸에는 숫자만, 단위는 unit 칸에 적어 주십시오. 검출되지 않은 경우 qualifier에 ND를 적고 값은 비워 주십시오. 반복 측정은 평균 대신 반복별로 한 행씩 적어 주시고, 평균을 함께 주실 때는 replicate에 mean으로 표시해 주십시오. 원본 장비 보고서(PDF·Excel)도 함께 부탁드립니다.
구조의 특정 부위를 링크로 보기
구조 파일(PDB·mmCIF)의 특정 사슬·잔기를 가리키는 링크를 만들 수 있습니다. 링크를 열면 3D 뷰어가 그 위치를 선택한 상태로 열립니다.
https://nadoo.bio/app/projects/<프로젝트>/structures/<파일>?sel=A:45-55,A:60,B:10A- 번호는 구조 파일에 적힌 작성자 잔기 번호입니다. 음수(
A:-2)와 삽입 코드(B:10A)도 쓸 수 있습니다. 서열의 몇 번째 글자인지와 다를 수 있습니다. - 구조에 좌표가 없는 위치는 선택하지 않고 "이 구조에 없는 위치"로 따로 보여 줍니다. 범위의 끝이 좌표 없는 잔기면, 범위 안에서 실제로 있는 잔기만 선택합니다.
- 모델이 여러 개인 파일은 화면에서 모델을 고르거나 링크에
model=을 붙입니다. - 링크를 받은 사람도 그 프로젝트의 파일을 볼 권한이 있어야 열립니다. 로그인하지 않았으면 로그인 뒤 같은 링크로 돌아옵니다.
- AI 도구는
create_view_link에kind: "structure"와selection을 넘겨 같은 링크를 만듭니다.