참조
도구 참조
나두바이오 도구의 식별자·입력 설정·산출 지표 참조입니다.
도구마다 받는 입력과 내놓는 산출이 다릅니다. 아래 표의 식별자를 눌러 상세를 보세요.
| 식별자 | 이름 | 분류 | 라이선스(상류 참고) | 설명 |
|---|---|---|---|---|
alphafold | AlphaFold | structure-prediction, protein-protein-docking | 코드 Apache-2.0 · 가중치 CC-BY-4.0 | 고정밀 단백질 구조 예측 (모노머/멀티모머). MSA 자동 주입 |
autodock-vina | Autodock Vina | protein-ligand-docking, binding-affinity | 코드 Apache-2.0 | 소분자-수용체 도킹 및 결합친화도 예측 |
boltz | Boltz-2 | structure-prediction, protein-protein-docking, protein-ligand-docking, binding-affinity | MIT | AlphaFold3 재구현 — 단백질/핵산/소분자 복합체 예측 및 친화도 |
chai | Chai-1 | structure-prediction, protein-protein-docking, protein-ligand-docking | Apache-2.0 | AlphaFold3 재구현 — 단백질/핵산/소분자(smiles) 복합체 예측 |
diffab | DiffAb | antibody-design, protein-design | Apache-2.0 | 항원 구조 기반 항체 CDR de novo 재설계 (diffusion) |
esmfold | ESMFold | structure-prediction, protein-language-models | 코드 MIT | ESM2 언어모델 기반 초고속 단백질 구조 예측 (MSA 불필요) |
gromacs | GROMACS | molecular-dynamics | 코드 LGPL-2.1 | 분자동역학 시뮬레이션 — 에너지 최소화/평형/프로덕션 |
hello-tool | Hello Tool | utilities | 확인 전 | 잡 실행 계약 검증용 에코 툴 (개발/스모크 테스트) |
immunebuilder | ImmuneBuilder | structure-prediction | 코드 BSD-3-Clause · 가중치 CC-BY-4.0 | 항체·나노바디·TCR 가변 도메인 구조 초고속 예측 |
ligandmpnn | LigandMPNN | inverse-folding, protein-design, affinity-optimization | MIT | 리간드/변형된 잔기를 고려한 시퀀스 설계 |
openmm | OpenMM | molecular-dynamics | 코드 MIT AND LGPL-3.0-only | GPU 가속 분자동역학 — 에너지 최소화/MD |
pocket-tool | Pocket Tool | utilities | 확인 전 | 결합 위치 조건 계약 점검용 도구 (개발/스모크 테스트). 과학적 예측이 아니다 |
proteinmpnn | ProteinMPNN | inverse-folding, protein-design, affinity-optimization | MIT | 백본 구조로부터 시퀀스 설계 (역폴딩) |
psiblast | PSI-BLAST Search | utilities | 코드 LicenseRef-NCBI-Public-Domain | 반복 프로파일 검색으로 동족 시퀀스 탐색 |
rfdiffusion | RFdiffusion | protein-design, binder-design, affinity-optimization, motif-scaffolding | BSD-3-Clause | 범용 de novo 단백질 설계 — 바인더/모티프 스캐폴딩/대칭 올리고머 등 8가지 프로토콜 |
table-tool | Table Tool | utilities | 확인 전 | 실행 계약 점검용 표 생성 도구 (개발/스모크 테스트). 과학적 예측이 아니다 |
tap | TAP2 (Therapeutic Antibody Profiling) | developability | 확인 전 | 항체 개발가능성(developability) 5지표 프로파일링 |
thermompnn | ThermoMPNN | thermostability, point-mutations, developability, mutation-scoring, affinity-optimization | MIT | 구조 기반 열안정성 향상 점돌연변 제안 |
카탈로그 등재는 실행 가능을 뜻하지 않습니다. 어떤 도구를 지금 실행할 수 있는지는 실행 허가와 계획 정책이 정하며, 이 목록과 별개입니다.