참조도구 참조
GROMACS
분자동역학 시뮬레이션 — 에너지 최소화/평형/프로덕션
제출에 쓰는 식별자는 gromacs 입니다. 표시 이름과 다르며 번역하지 않습니다.
분자동역학 시뮬레이션 — 에너지 최소화/평형/프로덕션
분류: molecular-dynamics
입력 설정
| 설정 | 형식 | 필수 | 기본값 | 설명과 제약 |
|---|---|---|---|---|
systemType | dropdown | 선택 | "protein" | 단백질 단독 또는 복합체 — 허용값 protein · protein-ligand |
uploadType | dropdown | 선택 | "upload" | 구조 업로드 또는 PDB ID fetch — 허용값 upload · fetch |
pdbFile | pdb | 필수 | — | 확장자 pdb · cif |
pdbID | string | 필수 | — | 4자리 PDB ID |
ligandFile | sdf | 필수 | — | 확장자 sdf |
waterModel | dropdown | 선택 | "tip3p" | 수용액 모델 — 허용값 tip3p · tip4p · spc |
simTimeNs | number | 선택 | 10 | 프로덕션 시간 (ns) — 최소 0.1 |
산출 지표
| 열 | 표시 이름 | 범위 | 설명 |
|---|---|---|---|
potential_energy | potential energy | — | — |
rmsd | RMSD (nm) | — | — |
지표가 무엇을 뜻하고 무엇을 뜻하지 않는지는 결과 읽는 법을 보세요. 범위는 값이 놓이는 구간이며 좋고 나쁨의 방향이 아닙니다.
실행 가능 여부
이 쪽은 도구의 입력과 산출 계약을 설명합니다. 카탈로그에 있다는 것이 지금 실행할 수 있다는 뜻은 아닙니다. 실행 가능 여부는 도구별 실행 허가와 계획 정책이 정하며 이 쪽에서 판단하지 않습니다.
라이선스
상류 공개 저장소 기준 참고 정보입니다. 나두바이오가 실행하는 판의 사용 권리는 릴리스마다 따로 검토하며, 실행하는 판의 라이선스 원문은 제3자 고지에 있습니다.
| 구성 | 라이선스 | 상업 이용 | 근거 | 비고 |
|---|---|---|---|---|
| 코드 | LGPL-2.1 | 조건부(비고 참고) | 라이선스 원문 | LGPL 2.1. 수정 없이 실행하는 것은 허용되고, 수정해 배포하면 소스 공개 조건이 붙습니다 |
학습 가중치가 없는 계산 프로그램입니다
확인일 2026-10-02.